■ 先天異常標本解析センター；京都大学医学研究科 (外部リンク)
センター収蔵の貴重な標本を研究に使用させていただいています。教育面でも「臨床解剖学実習」などで連携を図っています。
■ 京都コレクションについて>> ■ ３次元データを用いたヒト胚子・胎児の研究>>
■ 青山研究室; リハビリテーション科学 (外部リンク)
膝関節、骨盤、大腿骨等整形外科領域の発生の研究の他、教育面でも研究科横断型プログラムなど連携を図っています。
■ 発達脳科学研究室；東京大学教育学研究科 (外部リンク）
S基盤研究(S)ヒト脳の形態形成から行動生成に至る発達のダイナミクスを一緒にさせて頂いています。
■ 東京農工大学 医用情報工学 清水研究室 
(外部リンク)
多元計算解剖学という、解剖学（形態学）と情報工学とを結びつけた新学術領域です。様々な有益なDiscussionをいただいております。
■ 兵庫県立大学 応用情報科学研究科 (UH原口研究室）(外部リンク)
胎児の心筋走行がいつ、どのように形成されるかを研究しています。心臓の画像解析が専門の原口亮先生にお世話になっております。
■ 筑波大学磁気共鳴イメージング研究室 (巨瀬研究室）(2018.3まで)
京都コレクションを使用した器官形成期から出生までの各発生段階の胚子、胎児のＭＲ画像のデータベース化、さらにＭＲ断層画像、連続切片像から、各発生段階の胎児の形成および主要臓器の三次元立体画像を作成・データベース化する「ヒト胚の三次元データベース構築」（科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進事業〜12）が行われました。この事業で撮像されたMRI画像1200体をわれわれの研究室で利用させていただいています。
■ 高エネルギー加速器研究機構/放射光科学研究施設
位相コントラストX線撮像法を用いて、高解像度のヒト胚子の撮像を取得中です。
（放射光共同利用実験採択課題）に採択
海外の研究室
■ ゲッティンゲン大学・発生解剖学（ドイツ）
ヒト胚子コレクションの組織学的解析およびデジタルアトラス作成；基盤(B)(海外)
貴重なヒト胚子標本 (Blechscmidt Collection)をデジタル化させて頂いています。(Göttingen大学)
■ MRC Human Genetics Unit, Institute of Genetics and Molecular Medicine
エジンバラ大学（イギリス）
eMAP project (外部リンク)マウスの発生過程の解剖学的なアトラスを基盤にして様々な情報を追加したWEBデータベースを作製するプロジェクトです。ヒトの発生データとの連携を相互に模索しています。（現在情報交換中です）