■ 先天異常標本解析センター；京都大学医学研究科 (外部リンク)
センター収蔵の貴重な標本を研究に使用させていただいています。
■ 京都コレクションについて>> ■ ３次元データを用いたヒト胚子・胎児の研究>>
■ 青山研究室; リハビリテーション科学 (外部リンク)
膝関節、骨盤、大腿骨等整形外科領域の発生の研究、再生医療の研究を共同で行っています。教育面でも研究科横断型プログラムなど連携を図っています。
■ 島根大学医学部解剖学講座（外部リンク）
講座が保管する貴重な胎児期初期の標本を研究に使用させていただいています。高解像度のMR顕微鏡を用いてT1強調像、DTI像を取得して解析します。
■ 兵庫県立大学 応用情報科学研究科 (UH原口研究室）(外部リンク)
胎児の心筋走行がいつ、どのように形成されるかを研究しています。心臓の画像解析が専門の原口亮先生にお世話になっております。
■ 筑波大学磁気共鳴イメージング研究室 (巨瀬研究室）(2018.3まで)
京都コレクションを使用した器官形成期から出生までの各発生段階の胚子、胎児のＭＲ画像のデータベース化、さらにＭＲ断層画像、連続切片像から、各発生段階の胎児の形成および主要臓器の三次元立体画像を作成・データベース化する「ヒト胚の三次元データベース構築」（科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進事業〜12）が行われました。この事業で撮像されたMRI画像1200体をわれわれの研究室で利用させていただいています。
■ 高エネルギー加速器研究機構/放射光科学研究施設
位相コントラストX線撮像法を用いて、高解像度のヒト胚子の撮像を取得中です。
（放射光共同利用実験採択課題）に採択
■ 発達脳科学研究室；東京大学教育学研究科 (外部リンク）
S基盤研究(S)ヒト脳の形態形成から行動生成に至る発達のダイナミクスに参加させていただきました。
■ 東京農工大学 医用情報工学 清水研究室 
(外部リンク)
多元計算解剖学という、解剖学（形態学）と情報工学とを結びつけた新学術領域に参加させていただきました。様々な有益なDiscussionをいただきました。
海外の研究室
■ ゲッティンゲン大学・発生解剖学（ドイツ）
ヒト胚子コレクションの組織学的解析およびデジタルアトラス作成；基盤(B)(海外)
貴重なヒト胚子標本 (Blechscmidt Collection)をデジタル化させて頂きました。(Göttingen大学)
■ MRC Human Genetics Unit, Institute of Genetics and Molecular Medicine
エジンバラ大学（イギリス）